Ce texte sur les « conditions de création, transfert, regroupement et cession » des officines était attendu depuis plusieurs mois. Mais sa parution n'a pas levé toutes les ambiguïtés, en particulier quant au délai d'application des mesures qu'il contient. Une phrase à la fin de l'ordonnance est venue jeter le trouble : « Les dispositions de la présente ordonnance sont applicables à la date de publication des décrets pris pour leur application, et au plus tard le 31 juillet 2018. » Plusieurs décrets sont en effet attendus pour compléter le texte, dont celui qui définira les zones fragiles où « l'accès au médicament [...] n'est pas assuré de manière satisfaisante » et dans lesquelles il sera permis de déroger à certaines règles comme le quota de population requis en vue d'une installation, ou de se voir octroyer des financements. Un autre décret est également attendu sur la desserte des officines (voie piétonne, transports en commun...) pour préciser le « caractère optimal de la desserte en médicaments ». En tout état de cause, le Conseil d'État devra donc se prononcer avant le 31 juillet mais, dans l'intervalle, précise la direction générale de l'offre de soins (DGOS), le reste de l'ordonnance est applicable : « Les dispositions sont applicables le lendemain de la publication de l’ordonnance, dès lors qu’elles sont d’application directe (sans lien avec les textes d’application prévus). » C'est notamment le cas de dispositions comme celle prévoyant l'allongement du délai pour l'ouverture d'une officine à compter de l'autorisation de l'agence régionale de santé, passé de un à deux ans, ou la suppression du délai de cinq ans de suspension pour toute opération (vente, transfert ou regroupement) après un transfert.
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